El sistema judicial está formado por varios órganos que trabajan dentro de la Unión y los Estados, incluso el Distrito Federal y los Territorios. En el campo de la Unión, el Poder Judicial cuenta con las siguientes unidades: la Justicia Federal, incluidos los tribunales especiales federales, y la Justicia Especializada compuesta por el Tribunal Laboral, la Justicia Electoral y la Justicia Militar.
Los procesos comienzan en primera instancia y pueden ser apelados ante la segunda instancia y otros tribunales superiores. Pero hay procesos que pueden comenzar en segunda instancia e incluso en los tribunales superiores. Este es el caso de los procesos penales contra las autoridades con privilegio de instancia.
Justicia Federal
Compuesto por jueces federales que actúan en la primera instancia y los tribunales federales regionales (segunda instancia). Los tribunales federales juzgan los delitos políticos y los delitos penales cometidos contra bienes, servicios o intereses de la Unión. Los tribunales federales también pueden ser juzgados en casos de violaciones graves de los derechos humanos.
Justicia Laboral
Juzga conflictos individuales y colectivos entre trabajadores y empresas. Está compuesto por jueces laborales que trabajan en el tribunal inferior y en los tribunales laborales regionales y por ministros que trabajan en el Tribunal Superior del Trabajo.
Justicia Electoral
Regula los procedimientos electorales, garantizando el derecho constitucional, al voto directo y confidencial. Su competencia es organizar y monitorear la cuenta de los votos, así como diplomar a los candidatos elegidos.
Justicia Militar
Compuesto por jueces militares que actúan en primera y segunda instancia y ministros que juzgan en el Tribunal Superior Militar. Su competencia es juzgar crímenes militares.
Justicia Estatal
Compuesto por los jueces de derecho, que actúan en primera instancia y los jueces que trabajan en los tribunales (segunda instancia), la Justicia Estatal es responsable por juzgar cualquier caso que no esté sujeto a la jurisdicción de otro tribunal.
Tribunales Superiores
La instancia más alta del poder judicial brasileño, la Corte Suprema Federal (STF) está compuesta por 11 ministros nombrados por el Presidente de la República y nombrados por él después de la aprobación del Senado Federal. Entre las diversas competencias de la Corte Suprema, se puede juzgar las llamadas acciones directas de inconstitucionalidad.
El Tribunal Superior de Justicia (STJ), que estandariza la legislación nacional, está compuesto por 33 ministros nombrados por el Presidente de la República.